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        核酸以及核苷酸的基本換算

        更新時(shí)間:2012-05-31      點(diǎn)擊次數(shù):5554

        1.核酸的換算
        (1.1) 摩爾數(shù)與質(zhì)量:
        1 mg 1,000bp DNA = 1.52 pmol
        1 mg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 0.57 pmol
        1 mg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.35 pmol
        1 mg SV40 DNA (5,243bp) = 0.29 pmol
        1 mg FX174 DNA (5,386bp) = 0.28 pmol
        1 mg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.21 pmol
        1 mg l phage DNA (48,502bp) = 0.03 pmol

        1 pmol 1,000bp DNA = 0.66 mg
        1 pmol pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.77 mg
        1 pmol pBR322 DNA (4,361bp) = 2.88 mg
        1 pmol SV40 DNA (5,243bp) = 3.46 mg
        1 pmol FX174 DNA (5,386bp) = 3.54 mg
        1 pmol M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 4.78 mg
        1 pmol l phage DNA (48,502bp) = 32.01 mg

         (1.2) 光吸收值與濃度:
        1 OD260 dsDNA = 50 mg/ml = 0.15 mmol/L
        1 OD260 ssDNA = 33 mg/ml = 0.10 mmol/L
        1 OD260 ssRNA = 40 mg/ml = 0.12 mmol/L
        1 mmol/L dsDNA = 6.7 OD260
        1 mmol/L ssDNA = 10.0 OD260
        1 mmol/L ssRNA = 8.3 OD260

         (1.3) 分子量:
        1個(gè)脫氧核糖核酸堿基的平均分子量為333 Daltons
        1個(gè)核糖核酸堿基的平均分子量為340 Daltons

         (1.4) 核酸末端濃度:
        環(huán)狀DNA:
        pmol ends = pmol DNA ′ number of cuts ′ 2
        線性DNA:
        pmol ends = pmol DNA ′ (number of cuts ′ 2 + 2)

         1 mg 1,000bp DNA = 3.04 pmol ends
        1 mg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.14 pmol ends
        1 mg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.7 pmol ends
        1 mg SV40 DNA (5,243bp) = 0.58 pmol ends
        1 mg FX174 DNA (5,386bp) = 0.56 pmol ends
        1 mg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.42 pmol ends
        1 mg l phage DNA (48,502bp) = 0.06 pmol ends

         2.核苷酸的換算:
        (2.1) 分子量:
        MW (Da) = 333 ′ N (number of bases)

        (2.2) 濃度:
        C (mmol/L or pmol/ml) = OD260 / (0.01 ′ N)
        C (ng/ml) = OD260 ′ MW / (0.01 ′ N)
        MW —— molecular weight
        N —— number of bases
        OD260 —— absorbance at 260 nm

        (2.3) 雙鏈DNA與寡核苷酸的熔點(diǎn)
        短于25bp的雙鏈寡核苷酸:
        Tm = 2 (A + T) + 4 (G + C)
        長(zhǎng)于25bp的雙鏈寡核苷酸:
        Tm = 81.5 + 16.6 ( lg[J+] ) + 0.41 (%GC)
        – (600/N) – 0.63 (%Formamide)
        N —— 引物的長(zhǎng)度(以堿基數(shù)計(jì)算)
        J+ —— 單價(jià)陽(yáng)離子濃度

        (2.4) DNA與表達(dá)蛋白之間分子量換算
        1 kb DNA = 333 amino acid ≈ 3.7 ′ 104 Da
        10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA
        30,000 Da Protein ≈ 810 bp DNA
        50,000 Da Protein ≈ 2701 bp DNA
        100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA

         

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